NIPT样本分析题目

我自己的电脑是win10系统1803版本，如果是其他版本系统运行的话有可能会出现系统库缺失等问题，所以最好自己运行一遍。

题目1：
step1: 安装R程序：
下载地址：https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/R-3.5.1-win.exe
记住安装位置，默认安装位置C:\Program Files\R\R-3.5.1

step2:打开终端，
win+R键，输入cmd，确定，进入终端

step3：打开R程序（下面是默认安装位置的进入方法）
在终端输入
cd C:\Program Files\R\R-3.5.1
cd bin
R.exe

step4:运行算法脚本
把NIPT算法压缩包解压到c盘根目录下
在终端输入
setwd(“c:/”)
source(“test.R”)
等一会，程序运行完，就会在c盘根目录生成三个文件，就是所求的结果
example.bf.txt
example.zscore.txt
example.hh.txt

题目2：
step1: 使用管理员模式打开R程序（默认位置是C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\R.exe 右键点击R.exe，以管理员模式运行）

step2:在C盘根目录新建一个txt文件,改名为test2.R,用记事本打开，写入以下内容并保存。

library(reshape2);
library(ggplot2);
#数据读入
data <- read.table("example.bf.txt", sep=";", header=T, row.names=1, quote="");
data<-as.matrix(data);
data<-as.data.frame(data);
#is.matrix(data);# 增加行的名字
rownames(data)<- c("chr1","chr2","chr3","chr4","chr5","chr6","chr7","chr8","chr9","chr10","chr11","chr12","chr13","chr14","chr15","chr16","chr17","chr18","chr19","chr20","chr21","chr22")# 增加列的名字
colnames(data) <- paste("ID1","ID2","ID3","ID4","ID5","ID6","ID7","ID8","ID9","ID10","ID11","ID12","ID13","ID14","ID15","ID16","ID17","ID18","ID19","ID20")#增加一列ID列，保存行名字
data$ID <- rownames(data)# melt：把正常矩阵转换为长表格模式的函数。工作原理是把全部的非id列的数值列转为1列，命名为value；所有字符列转为variable列。
# id.vars 列用于指定哪些列为id列；这些列不会被merge，会保留为完整一列。
data_m <- melt(data, id.vars=c("ID"))
head(data_m)p <- ggplot(data_m, aes(x=variable,y=ID)) + xlab("samples") + theme_bw() + theme(panel.grid.major = element_blank()) + theme(legend.key=element_blank())  + theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1)) + theme(legend.position="top") +  geom_tile(aes(fill=value)) + scale_fill_gradient(low = "white", high = "red")# 可以跟输出文件不同的后缀，以获得不同的输出格式
# colormode支持srgb （屏幕）和cmyk （打印，部分杂志需要，看上去有点褪色的感觉）格式
ggsave(p, filename="heatmap.pdf", width=10, height=15, units=c("cm"),colormodel="srgb")

step3： 在打开R.exe后的终端上输入以下内容：

setwd("c:/")
source("test2.R")

等程序运行完成后就可以在c盘根目录下看到输出的图片，就是所求bf的结果

step4：

将第二步骤中代码段第四行的

data <- read.table("example.bf.txt", sep=";", header=T, row.names=1, quote="");

中的example.bf.txt分别改成
example.zscore.txt
example.hh.txt
，重复step2，step3就可以得到zscore,hh的结果

题目3：

#include
#includefloat calculate(float bf,float pror)
{float poor=bf*pror,ppv=poor/(poor+1);return ppv;
}
int main()
{float bf,pror,ppv;//从终端输入bf和pror值printf("input the value of BF:\n");scanf("%f",&bf);printf("input the value of pror:\n");scanf("%f",&pror);ppv = calculate(bf,pror);printf("The value of ppv is %f\n",ppv);return 0;}

参考链接：https://www.cnblogs.com/freescience/p/7421056.html

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