在UBUNTU上艰辛的安装R包biomaRt

1.打开终端，进入R

BiocManager::install("“biomaRt”")

报错，极多。未保存。大概如下。

Installation paths not writeable, unable to update packages  ####最先出现的报错然后出现libpng-config: command not found以及这些依赖包 ‘RCurl’, ‘GenomeInfoDb’, ‘png’, ‘Biostrings’, ‘KEGGREST’, ‘XML’, ‘AnnotationDbi’全都安装不上。举例一个Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/linan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RCurl’
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/linan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/XML’
ERROR: dependency ‘RCurl’ is not available for package ‘GenomeInfoDb’
* removing ‘/home/linan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/GenomeInfoDb’
ERROR: dependency ‘GenomeInfoDb’ is not available for package ‘Biostrings’
* removing ‘/home/linan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/Biostrings’
ERROR: dependency ‘Biostrings’ is not available for package ‘KEGGREST’
* removing ‘/home/linan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/KEGGREST’
ERROR: dependency ‘KEGGREST’ is not available for package ‘AnnotationDbi’
* removing ‘/home/linan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/AnnotationDbi’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘AnnotationDbi’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/linan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/biomaRt’还有大量non-zero exit status出现

总而言之，报错很多。一个一个解决。

2.安装路径不能写入，q()退出R

sudo su获得root权限

3.libpng-config: command not found，下载它即可。

sudo apt-get install libpng-dev

4.剩下的依赖包其实只需要解决两个。RCurl和 XML。为什么呢？

看报错，上面没给详细。

安装依赖包RCurl时报错如下。
* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config

找不到curl-config，所以一行代码解决。sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev。

这时候进入R，BiocManager::install(“RCurl”)就能安装了。

安装依赖包XML时报错如下。
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML’

找不到xml2-config，也是一行代码解决。sudo apt-get install libxml2-dev。

同样，进入R，BiocManager::install(“XML”)就能安装了。

6.最后，BiocManager::install("“biomaRt”")，成功安装biomaRt。

7.写在最后，non-zero exit status出现，其实原因很多，我这边是因为依赖包没法安装。

假如R包有binary版本，一行代码install.packages("xx",type="binary")轻松解决，可以我这个没有。

另外也有可能是由于之前未完全下载该包，可以使用下面代码(找到自己的library地址)

unlink("C:/software/R/R-4.0.2/library/00LOCK-RCurl", recursive = TRUE)

当然，还有其他可能性，能力有限，需要进一步学习。

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