samtools及bam文件的相关知识
文章目录
- 一些重要的概念
- 首先是关于模板和read的概念
- 然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念
- Phred scale
- 1-base和0-base文件
- bam文件的header
- bam文件的主要内容
本文主要记录了阅读http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 时学习到的一些内容
主要包括bam文件的一些格式及序列比对的一些基础知识
一些重要的概念
首先是关于模板和read的概念
然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念
这里的一点感悟是线性比对和嵌合比对，实际上，一条read的比对情况有时候会
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