machit r语言_R语言 diffusionMap包 diffuse()函数中文帮助文档(中英文对照)

diffuse(diffusionMap)

diffuse()所属R语言包：diffusionMap

Compute diffusion map coordinates from pair-wise distances.

图坐标计算扩散成对的距离。

译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Uses the pair-wise distance matrix for a data set to compute the diffusion map coefficients.  Computes the Markov transition probability matrix, and its eigenvalues  and left & right eigenvectors.  Returns a 'dmap' object.

使用成对的距离矩阵为一个数据集来计算扩散映射系数。计算马尔可夫转移概率矩阵，其特征值和左，右特征向量。返回的“DMAP对象。

用法----------Usage----------

diffuse(D, eps.val = epsilonCompute(D), neigen = NULL, t = 0, maxdim = 50, delta=10^-5)

参数----------Arguments----------

参数：D

n-by-n pairwise distance matrix for a data set with n points, or alternatively output from the dist() function.

N-和-n成对的距离矩阵与n个点，或者输出的dist()函数的数据集。

参数：eps.val

epsilon parameter for the diffusion weight matrix, exp(-D$^2$/(eps.val)).  Default is to use the epsilon corresponding to the median distance to the 0.01*n nearest neighbor

小量的扩散权重矩阵参数，exp(-D $ ^ 2元/(eps.val))。默认值是使用0.01 * n个最近邻中位数的距离对应的ε

参数：neigen

number of dimensions of final diffusion map representation. Default uses number of dimensions corresponding to a 95% drop-off in eigenvalue multiplier.

最终扩散图表示的维数。默认情况

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