QIIME2安装_Windows下基于虚拟机Virtualbox安装QIIME2

本文我们主要介绍如何在Windows下基于虚拟机Virtualbox安装QIIME2。

01 QIIME2软件简介

QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology，发音同chime[tʃaɪm]）是微生物组领域最广泛使用的分析流程，它是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台，强调数据分析透明。

2010年，美国科罗拉多大学的Rob Knight教授（现单位美国加州大学圣地亚哥分校）团队发布QIIME分析流程。Gregory J. Caporaso教授于2016年起发起了基于Python3语言从头编写QIIME 2项目。目前的QIIME 2包含许多功能，如接头和引物序列去除工具cutadapt、序列质量控制R包DADA2、聚类和去冗余的软件VSEARCH、纵向和成对样本分析工具longitudinal等。

该流程可在Linux或Mac系统中运行，QIIME 2可以应对不同类型数据和实验设计；实现每个步骤更多软件和方法的选择；能够实现多样性、物种组成、差异比较和网络等众多方法。QIIME 2也可以使研究者从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。其主要优点有:

（1）安装更加简单，支持多种系统，能够满足绝大多数使用者的需求；

（2）整合分析流程、自动化追踪数据来源，保证了每一步分析都可追踪溯源；

（3）开发了语义类型系统，可快速自动识别导入文件类型；

（4）开发插件系统，可扩展微生物分析功能种类，将复杂的分析过程整体化、综合化；

（5）具有相对完善的社区平台，使用者可在论坛进行讨论；

（6）是一个开源的平台，每一个使用者均可开发插件；

（7）可视化功能强大，在使用时可生成交互式图形以便使用者了解数据处理结果；

（8）支持多种用户界面，如API、命令行、图形界面。QIIME 2可以在原生环境、conda环境安装，也可以使用VirtualBox方式在Windows / Linux / Mac平台安装运行并加载制作好的系统镜像运行。

02 QIIME2安装（以2021.4版本为例）

由于国内用户大多使用Windows操作系统，我们将重点详述在Windows系统中虚拟机上安装QIIME 2，其它环境安装详见官网教程：Installing QIIME 2 using Virtual Machines — QIIME 2 2021.4.0 documentation；

虚拟机安装英文原版流程请参考官网：Installing QIIME 2 using VirtualBox — QIIME 2 2021.4.0 documentation；

在QIIME2官网学习更多相关:QIIME 2。

基于虚拟机安装的QIIME2运行环境是Virtual Box；所需软件有Virtual Box（Oracle VM VirtualBox）+QIIME2 (QIIME 2)。

下载QIIME2与虚拟机

首先，进入QIIME2官网：

Installing QIIME 2 using VirtualBox — QIIME 2 2021.4.0 documentation。点击“Learn more” 进入QIIME2 docs。

点击“Installing QIIME 2 using Virtual Machines”进入下一网页。

​

在网页左上角下拉框查看可获取安装的版本，点击“Installing QIIME 2 using VirtualBox”进入下一网页。（注意：QIIME2每3-4月更新1次）

​在本网页中，有“http://virtualbox.org/”和“VirtualBox Images”两个跳转链接，点击进入后可以分别下载虚拟机与虚拟机镜像QIIME2安装包。

​

点击“VirtualBox Images”进入QIIME2虚拟机镜像下载界面，在“Download URL”所在列选择需要的QIIME2版本链接并跳转即可获得下载。在这个网页右侧“Compatible VirtualBox Version”所在列可以判断某个QIIME 2版本所适配的虚拟机版本。例如，与QIIME20214版本匹配的虚拟机是VirtualBox6.1.22。

点击“http://virtualbox.org/”跳转到虚拟机下载界面。在此界面下，点击蓝色按钮往往下载的是最新虚拟机。

如果下载的虚拟机版本与QIIME 2镜像安装包不匹配，可以进入网页“Download_Old_Builds – Oracle VM VirtualBox”寻找历史的匹配版本。下载VirtualBox 6.1.22。

​完成以上操作，虚拟机与QIIME2安装包都已经下载好了。

安装虚拟机——先双击运行VirtualBox-6.1.22-144080-Win.exe，进入安装向导界面。点击“下一步”。

浏览并选择合适的安装位置，点击“下一步”。

选择需要安装的功能，点击“下一步”。

​继续，点击“下一步”。

继续，点击“下一步”。

安装完成，点击“完成”退出安装向导。

基于虚拟机安装QIIME2——解压下载的QIIME2软件压缩包。双击其中的镜像文件QIIME 2 Core - 2021.4 (1620251613).ovf，弹出导入窗口。

在导入窗口中，选择QIIME虚拟系统可支配的内存和CPU核心数，一般视电脑的配置情况而定（进入设备管理器—查看电脑的处理器数量），在处理一般数据时最少需要4个CPU核心和8GB内存。所给运行内存和CPU越多，虚拟机中的QIIME2处理数据的速度越快。选择合适的安装位置，点击“导入”开始安装。

等待进度条走满。

安装完成，界面如下。

点击启动“启动”按钮运行QIIME虚拟机，或者直接双击即可启动。

提示输入密码，输入密码“qiime2”进入系统。

进入QIIME 的虚拟系统环境，界面如下。

系统设置——打开命令行窗口，输入命令qiime info检验安装的QIIME2版本及参数。

点击外部窗口上的“设备”，选择“安装增强功能”，虚拟内弹出的窗口内，点击“Run”。

提示输入密码，输入“qiime2”即可开始安装，完成后敲击回车关闭窗口。

重启QIIME2，Restart。

设置共享文件夹，用于存取文件。先在自己电脑的Windows系统里创建共享文件夹qiimeshare，本教程使用已经创建的E:\qiimeshare作为共享文件夹。

在虚拟机中挂载共享文件夹，点击左侧Terminal打开终端窗口。输入命令：mkdir share ；然后再输入命令：sudo mount –t vboxsf qiimeshare share即可实现挂载。其中，命令mkdir share是在QIIME虚拟系统环境中创建一个名为“share”的文件夹，命令sudo mount –t vboxsf qiimeshare share是将Windows系统里创建的文件夹“qiimeshare”与QIIME虚拟系统环境中的“share”文件夹链接起来，这两个文件夹中的所有文件能够实现即时共享。

设置虚拟机的双向剪贴板同步，这样可以在QIIME虚拟机系统与Windows系统之间执行复制黏贴快捷命令。

完成以上安装与设置，QIIME2就可以正常运行了。

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转载自原创文章：

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最后，再次感谢你阅读本篇文章，真心希望对你有所帮助。感谢！

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