tcga样本编号_新手在TCGA中怎么找各类样本

经常有人问怎么下载正常样本,疾病样本之类的,这里就给大家一个参考

使用TCGA简易下载工具可以下载所有的样本类型,具体看样本编号,在界面中只列了几个常见的,不常见的可以下载全部然后自己筛选

样本编号模式如下:

描述参考:https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode

然后一般我们只看前14个字符,最后两个字符比如01、11代表了癌与癌旁(上图中的Sample),详细信息如下:

01 Primary Solid Tumor TP02 Recurrent Solid Tumor TR03 Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood TB04 Recurrent Blood Derived Cancer - Bone Marrow TRBM05 Additional - New Primary TAP06 Metastatic TM07 Additional Metastatic TAM08 Human Tumor Original Cells THOC09 Primary Blood Derived Cancer - Bone Marrow TBM10 Blood Derived Normal NB11 Solid Tissue Normal NT12 Buccal Cell Normal NBC13 EBV Immortalized Normal NEBV14 Bone Marrow Normal NBM15 sample type 15 15SH16 sample type 16 16SH20 Control Analyte CELLC40 Recurrent Blood Derived Cancer - Peripheral Blood TRB50 Cell Lines CELL60 Primary Xenograft Tissue XP61 Cell Line Derived Xenograft Tissue XCL99 sample type 99 99SH


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