单细胞findmarkers鉴定出每个基因的logFC,相应重排序，GSEA是个富集好选择。
参考：
个人觉得无论bulk还是sc，对全gene matrix依据logFC排序再做GSEA是比较合适的，提取出差异基因对markers做GSEA个人感觉是原理上的错误。
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（五）：基因差异表达分析 - 简书
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