通过bed文件获取基因序列(fasta)
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- bedtools、getfasta
- ref
- note
bedtools、getfasta
ref
bedtools getfasta doc
note
安装:
conda install bedtools
参考文件:
需要提前下载好fasta文件
最好有fai索引文件(bedtools也会自动生成)
语法:
bedtools getfasta [OPTIONS] -fi -bed
如:
bedtools getfasta -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> -fo out.fa
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