windows通过cygwin安装samtools
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文章目录
- 前言
- 一、samtools的安装
- 一、cygwin环境设置注意事项（把anaconda安装的库加载到cygwin）
前言
二代测序数据分析用到了samtools，但是因为samtools需要linux环境，windows环境想要使用samtools，可以先安装cygwin（在windows环境下模拟linux）。cygwin的安装网上有很多教程：
https://blog.csdn.net/hu_yinghui/article/details/125263154 ；
需要注意的是setup-x86_64.exe下载以后每次想更新cygwin的安装库
都可以重新点击setup-x86_64.exe重新选择新的库，如cmake，重新安装注意是追加库，并不会抹除之前已经安装的库，setup-x86_64.exe文件下载之后需要留存，以便之后追加新的库。
一、samtools的安装
- cygwin安装以后，打开cygwin终端，先安装samtools依赖库，htslib，下载链接如下
https://www.htslib.org/download/
下载：
解压缩：
cd htslib-1.16
./configure
make
make install - samtools 安装
下载samtools-1.16.1
解压缩 cd samtools-1.16.1
./configure
make
make install
一、cygwin环境设置注意事项（把anaconda安装的库加载到cygwin）
参考博客：https://blog.csdn.net/levinee/article/details/5289382/
登录cygwin时，默认只加载home目录下的.bash_profile文件
把之前电脑里已经安装的anaconda路径加到home的.bash_profile里：
.bashrc文件最后加入两行
保存
最后在cygwin终端输入：
source $HOME/.bashrc
which python测试一下，可以看到python的路径已经由原来的/usr/bin/python
更改为/cygdrive/c/Users/NDY/anaconda3/python
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