基于vegan包对otu表抽平——微生物抽平

抽平：指按照一定数量或样本序列最低数量，将所有样本的序列随机抽取至统一数据量。

简单地说，就是在不同的样本测序数据有差距的时候，保证样本测序序列的均一性。

使用vegan包抽平：

数据准备：准备一个otu表。

输入文件：otu.txt，第一行为样品的名称，第一列为otu名称（名称具有唯一性）。

#加载r工作目录，如果文件直接放在了默认的工作目录可以忽略该代码
setwd("D:/r/")
#加载vegan包，如果没有这个包先提前安装
library(vegan)
#加载otu数据表
otu = read.table('otu.txt', header=T, sep="\t", quote = "", row.names=1, comment.char="", stringsAsFactors = FALSE)
#求和查看每个样本的和
colSums(otu)
#抽平并把结果赋值给“otu_Flattening”
otu_Flattening =as.data.frame(t(rrarefy(t(otu),min(colSums(otu)))))
#查看抽平后的每个样本的和
colSums(otu_Flattening)
#将抽平后的otu结果表（otu_Flattening）保存到该工作目录下，并命名为“otu_Results.csv”
write.table(otu_Flattening, file="otu_Results.csv",sep =",", quote=FALSE)

otu抽平步骤

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