SCI 文章之血液病亚克隆分析sankey图

最近研究血液病亚克隆，觉得这个fishplot图挺有意思，抽象派图，各大paper上都很热衷于这种高大上的表达方式，故也利用R包“fishplot”画一下，果真高端大气上档次，故给出代码，用于绘图。

输入文件如下（faction.xls）：第一行表示时间节点timepoints，其他行表示VAF的median值。

运行方式如下：

Rscript fishplot.r infile outfile parents

例子如下：

Rscript fishplot.r faction.xls faction.pdf 0,1,1,1,3,4,0

源代码如下：

主要参数如下：

：输入文件（faction.xls），A numeric matrix containing tumor fraction estimates for all clones at all timepoints

：输出文件（faction.pdf）

：An integer vector specifying parental relationships between clones

其他参数可以自行调整！

附文献：

[1] Miller et al. BMC Genomics (2016) 17:880

DOI 10.1186/s12864-016-3195-z

[2] Clonal dynamics in a single AML case tracked for 9 years reveals the complexity of leukemia progression, Leukemia accepted article preview 1 October 2015; doi: 10.1038/leu.2015.264.

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