学员成果分享:影像组学中深度特征结合影像组学(MedicalNet三维深度特征)附代码,有平台的赶紧动手

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkxMTIxNzAwNg==&mid=2247486870&idx=1&sn=c53f361fb5d8138fa36d8503df24553e&chksm=c11ed597f6695c810db87de31c7876ed312010c1cde5f9eed8dba48076edbc4cf1fe1f6752d9#rd

影像组学路径图

感谢《David》同学分享的深度特征结合影像组学(MedicalNet三维深度特征)

  参加培训班,争取进小班

(免费)你也可以做引路人

整体过程

参照呼呼和曹诗文同学的帖子,本人顺利跑通全过程,感谢呼呼和曹诗文同学。

http://medai.icu/thread/84

http://medai.icu/thread/101

第一部分 前期工作

  1. 配置MedicalNet:下载数据,pycharm打开。因为onekey和MedicalNet_master中都有dataset和utils,重命名为dataset_med和utils_med,同时在train.py中进行相应修改。

  2. 跑通demo:本人选择resnet-18,以防显存不足。

第二部分 深度特征提取

  1. 依次修改代码(具体参见呼呼和曹诗文同学的帖子):

resnet.py

train.py

brains18.py

train.py

2.终端运行:

python train.py --gpu_id 0(注:我在代码页运行train.py报错)(只运行了50个循环)

生成feature.txt文件

3.删除多余的特征,只留最后一次的特征

第三部分 传统影像组学

  1. 数据读取

  2. 特征数据准备

去除不要的列,增加诊断列

数据降维、字符转换为数值、训练集测试集随机划分

3.模型训练

4.模型预测

后面部分跟之前传统组学一致

  

 


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