ARGs-OAP v3+ 安装 && cleanreads 注释

宏基因组从 cleanreads 注释抗生素抗性基因(ARGs)，以ARGs-OAP v3 为例
本实验项目原创，请勿搬运

日期：2023 年 8 月
地址：CNGB，深圳国家基因库
文献：ARGs-OAP v3.0: Antibiotic-Resistance Gene Database Curation and Analysis Pipeline Optimization
DOI：https://doi.org/10.1016/j.eng.2022.10.011
github 项目：https://github.com/xinehc/ARGs_OAP

本次实验在 centos 计算集群 进行，非 root 账户

背景

抗生素抗性基因 (ARGs) 注释
一般是从蛋白质序列比对，像 CARD 数据库配套的 RGI
但是我们现在从 short-reads 进行比对注释

其中：

• 今年年初的 AMR++ V3+ 配套数据库 MEGARes V3+，环境依赖复杂。
• 21年的 KARGA 说是很快，但 KARGA 纯 JAVA 语言。
• 22年年底的 ARGs-OAP V3+ 配套数据库 SARG V3+，本次成功部署 ARGs-OAP V3.2.3

ARGs-OAP V3.2.3 环境配置

从源码安装，ARGs-OAP V3+ 配套数据库 SARG V3+，不需要额外下载
dependencies (python>=3.7, diamond>=2.0.15, bwa>=0.7.17, blast>=2.12, samtools>=1.15)

# 创建新虚拟环境
source activate
conda create -n args_oap python=3.7
conda activate args_oap
python -m pip install --upgrade pip# 添加已有 samtools 
ln -s /....../bin/samtools /....../miniconda3/envs/args_oap/bin/samtools# 添加已有 fastp 
ln 

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