linux环境下blastn命令怎么用,blast 用法汇总

blast 安装：

先在网上找到最新版的blast下载到本地；

this is the download padge: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/

这里下载的是最近版本：ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz

linux下可以通过ftp anonymous 登录，get下载

用filezilla 导入到Linux系统中，找一个目录放下；

先解压：tar zxvf ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz

解压后的文件夹ncbi-blast-2.2.29+/bin里面即是可执行的BLAST+程序了

在.barshrc 文件中设置好环境变量即可：

由于2.2.29与之前版本2.2.23有所不同，下面介绍一下2.8.1用法：

blastall

第一步 建库：

/opt/blc/genome/biosoft/blast-2.2.23/bin/formatdb -i ortholog.fa -p T

注：这里用的是安装的绝对路径，

T 表示蛋白库，F表示核酸库；

第二步 运行blastall

eg:

/opt/blc/genome/biosoft/blast-2.2.23/bin/blastall -i query.fasta -d db.seq -o blast.out -p blastn -F F -e 1e-5 -m 8

1．-e参数

-e(value)参数是用来过滤比对较差的结果的&

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