BINANA

BINANA是一个用于分析对接配体姿势的工具，确定有助于结合的分子间相互作用。准确地描述这些相互作用有助于科学家们评估一个配体（预测的）是否值得进一步研究。

BINANA有Python和JavaScript两个版本可使用。

读取的受体和配体的文件格式为PDBQT（更好）或PDB。BINANA识别并描述关键的受体/配体相互作用信息（如氢键、盐键、pi相互作用）。

命令行

# python文件夹下使用python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_dir /path/to/output/directory/# 只获取相互作用的有限信息。使用：python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt# 获取单个PDB文件，文件中包含涉及相互作用的原子，在PDB header部分记录了相互作用的特征。使用：python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_file /path/to/output.pdb# 如果要保存报错和警告信息。使用：python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_file /path/to/output.pdb > errors.txt# 获取JSON格式文件，文件中包含相互作用信息。使用：python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_json /path/to/output.json# 如果要获得CSV文件。使用：python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_csv /path/to/output.csv

以上使用的评价参数是BINANA默认参数。

需要自定义评价参数的可以使用以下命令行，如：

# Detect only hydrogen bonds where the donor and acceptor are less than 3.0 angstroms distant, run: python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -hydrogen_bond_dist_cutoff 3.0

可供更改的评价参数有：-close_contacts_dist1_cutoff -close_contacts_dist2_cutoff -electrostatic_dist_cutoff -active_site_flexibility_dist_cutoff -hydrophobic_dist_cutoff -hydrogen_bond_dist_cutoff -hydrogen_halogen_bond_angle_cutoff -halogen_bond_dist_cutoff -pi_padding_dist -pi_pi_interacting_dist_cutoff -pi_stacking_angle_tolerance -T_stacking_angle_tolerance -T_stacking_closest_dist_cutoff -cation_pi_dist_cutoff -salt_bridge_dist_cutoff -metal_coordination_dist_cutoff

jdurrant / binana · GitLab (pitt.edu)

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