蛋白质序列搜索及比对2021.01.24
首先下载一个序列,以血红蛋白为例,在uniprot首页搜索框搜索Hemoglobin
勾选|P69891|HBG1_HUMAN Hemoglobin subunit gamma-1下载,得到序列并以FASTQ格式复制
sp|P69891|HBG1_HUMAN Hemoglobin subunit gamma-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HBG1 PE=1 SV=2
MGHFTEEDKATITSLWGKVNVEDAGGETLGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSASAIMGNPK
VKAHGKKVLTSLGDAIKHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVTVLAIHFG
KEFTPEVQASWQKMVTAVASALSSRYH
打开NCBI,进入protein blast(即blastp),将代码复制到框中

再选择搜索数据库,较常用的是uniprot
Organism Optional 写入搜索的物种范围,以human为例

blast

搜索结果


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